Markus Zürcher (Jahrgang 1961) studierte Schweizer Geschichte, Ökonomie und Soziologie an der Universität Bern und als Visiting Student an der University of Lancaster. Als Hilfsassistent und Assistent war er am Institut für Soziologie Universität Bern tätig, wo er 1994 unter der Leitung von Prof. C. Honegger in Geschichte promovierte.
Seit 1995 ist er für die Schweizerische Akademie der Geistes- und Sozialwissenschaften tätig, seit 2002 als deren Generalsekretär. Im November 2006 wurde er zum Vorsitzenden der Geschäftsleitung der neu gegründeten Akademien der Wissenschaften Schweiz ernannt.
Ein Nachdiplomstudium am Institut de hautes études en administration publique (IDHEAP) in Lausanne schloss er 1999 mit dem Master of Public Administration (MPA) ab. Lehraufträge für Soziologie und für Geschichte der Sozialwissenschaften nimmt er an den Universitäten Freiburg und Bern wahr. Wissenschaftsgeschichte, Forschungspolitik und New Public Management sind seine Interessensgebiete.